O Imposto Autárquico de SISA foi introduzido no pacote da legislação autárquica através da Lei 1/2008 (Artigo 59) e do Código Tributário Autárquico (Decreto 63/2008), art. 94ff. Antes, era um imposto exclusivo do governo central, pagável na delegação da ATM (antigamente: repartição de Finanças).

Este imposto incide sobre a transacção de um imóvel urbano na circunscrição territorial municipal, quer através de um acto de compra e venda, trespasse a título oneroso, benefício e usufruto permanente e outras formas de transacção, excluindo vários casos de isenção (como por exemplo, imóveis do Estado, do município, etc.), definidos por lei. A base deste imposto é constituída pelo respectivo valor declarado ou de mercado (deve ser usado o mais alto dos dois) na transacção de um imóvel, pagável pelo comprador, no acto da escritura da transacção, antes do registo do imóvel. A alíquota é de 2% sobre o valor da transacção.

De modo geral, o desafio reside no facto de que as autarquias ainda não têm uma base de dados para este imposto, que apenas foi a si atribuído em 2008. Constatou-se, nos estudos de caso, uma colaboração fraca entre o CM, a Conservatória de Registo e Notariado do Ministério da Justiça (onde as transacções estão ou deveriam estar registadas) e a ATM, onde, grosso modo, o Imposto de SISA é pago. No geral, o raio de cobertura da conservatória não coincide com a circunscrição territorial da autarquia, ou seja, os registos não são classificados por território autárquico.

Este facto cria dificuldades aos conservadores, no apuramento do número exacto de transacções por autarquia. Alguns municípios nem sequer têm uma secção da Conservatória de Registo e Notariado onde são registadas as transacções (compra e venda, trespasse etc.). Porém, mesmo onde estas transacções são registadas e comunicadas à administração municipal, muitas das vezes, usa-se na liquidação e no pagamento da IASISA um valor declarado muito aquém do valor do mercado do prédio. Isso afecta negativamente o rendimento do IASISA, isto é, causa uma perda fiscal ao município.

Um outro desafio consiste na colaboração e partilha de informação entre a ATM, a Conservatória e o Município, tomando em conta que este imposto apenas foi transferido para as autarquias recentemente, sem, contudo, estabelecer normas e procedimentos para a descentralização da informação e documentação necessária ao município, das quais a arrecadação depende.

Por isso, em alguns casos, existem conflitos, nomeadamente, entre delegações locais da ATM e o governo municipal, e casos, em que ambos (ATM, CM) cobram o IASISA. Obviamente, estas cobranças são feitas em detrimento do interesse público, numa transparência e eficácia da arrecadação deste imposto.