Numa entrevista que concedeu em 1960 ao jornalista Bara Diouf na revista "La vie Africaine", declarou: "Volto em breve à África, onde uma tarefa pesada nos espera a todos. Dentro dos limites das minhas possibilidades e dos meus meios, espero contribuir efetivamente para o impulso da pesquisa científica no campo das ciências humanas e das ciências exatas.

Quanto à África negra, ela deve se alimentar dos frutos de minha pesquisa em escala continental. Não se trata de criar , de raíz, uma história mais bela que a das outras, de modo a impulsionar moralmente o povo durante o período de luta pela independência, mas de partir desta ideia óbvia de que cada povo para uma história."
De volta ao Senegal com sua família, Cheikh Anta Diop foi designado para o Instituto Francês da África Negra (IFAN, mais tarde renomado Institut Fondamental d'Afrique Noire em português Instituto Fundamental da África Negra) na Universidade de Dakar. Empreendeu ali criar um laboratório de datação de amostras arqueológicas pelo método do carbono 14. Depois de liderar sua construção de 1963 a 1966, dirigiu-o até 1986.
Em 1966, em Dakar, recebeu, juntamente com William Edward Burghard Du Bois, o prêmio do 1º Festival de Artes Negras, premiando o escritor que mais influenciou o pensamento negro no século XX.
Cheikh Anta Diop continua sua pesquisa em pré-história, egiptologia, linguística africana, antropologia, sobre a contribuição da África para a civilização. No âmbito da UNESCO então chefiada por Ahmadou Mahtar Mbow, contribuiu decisivamente para a escrita da História Geral da África com muitos eminentes historiadores africanos como Théophile obenga, Joseph Ki Zerbo...
 

Em particular, foi neste contexto e a pedido de Cheikh Anta Diop que a UNESCO organizou um simpósio no Cairo em 1974, dedicado ao antigo Egito. As recomendações deste simpósio histórico, que reuniu cientistas que estão entre os mais eminentes especialistas do mundo, confirmaram a relevância e fecundidade do trabalho de Cheikh Anta Diop e Théophile Obenga sobre a inserção do Egito faraônico no universo negro-africano.