Após o duro golpe dado às cidades jónicas, Dario I decidiu castigar aqueles que haviam auxiliado os rebeldes, encarregando a represália a seu sobrinho Artafernes e a um nobre chamado Datis.
Em Atenas, alguns homens já viam os sinais do iminente perigo. O primeiro deles foi Temístocles, eleito arconte em 493 a.C. Temístocles acreditava que em Hélade não teria salvação em caso de um ataque persa, se Atenas não desenvolvesse antes uma poderosa marinha.
Dessa forma, fortificou o porto de Pireu, convertendo-o em uma poderosa base naval, mas logo surgiria um rival político que impediria o resto de suas reformas. Era Milcíades, membro de uma grande família ateniense das costas da Ásia Menor. Opunha-se a Temístocles, porque considerava que os gregos deviam defender-se primeiro por terra, acreditando na supremacia das largas lanças gregas contra os arqueiros persas. Os atenienses decidiram por em suas mãos a situação, enfrentando assim a invasão persa.
A frota persa chegou por mar no verão de 490 a.C., dirigidos por Artafernes, conquistando as ilhas Cíclades e posteriormente Eubeia, como represália por sua intervenção na revolta jónica. Posteriormente, o exército persa, comandado por Datis, desembarcou na costa oriental da Ática, em Maratona, lugar recomendado por Hípias (anterior tirano de Atenas) por ser considerada o melhor lugar.
Batalha de Maratona: Temístocles retoma o mando em Atenas
O vitorioso Milcíades quis aproveitar o momento de glória para expandir o poder de Atenas no mar Egeu, e logo depois da batalha em Maratona enviou uma parte da frota contra as Cíclades, submetidas pelos persas.
Atacou a ilha de Paros, exigindo aos seus habitantes um tributo de 100 talentos, que foram negados, então a cidade foi ocupada, mas a defesa foi tão árdua que os gregos tiveram que contentar-se com uns poucos saques. Este pobre resultado começou a desiludi-los com relação a Milcíades, chegando inclusive a vê-lo como um tirano que depreciava as leis.
Os inimigos de Milcíades o acusaram de ter enganado o povo e o submeteram a um processo, o qual não pode se defender por ter sido ferido em um acidente e estar prostrado em uma cama. Ele foi declarado culpado, sendo salvo da pena capital comum nestes casos pelos serviços prestados anteriormente à pátria, mas foi condenado a pagar a elevada soma de 50 talentos. Pouco depois morreu por causa de suas feridas. Seria agora Temístocles quem tomaria o comando de Atenas.
Em 481 a.C., os representantes de diferentes polis, liderados por Atenas e Esparta, firmaram um pacto militar (simmaquia) para protegerem-se de um possível ataque do Império Aquemênida. Segundo este pacto, em caso de invasão, corresponderia a Esparta a tarefa de comandar o exército helênico, em uma trégua geral, que inclusive propiciou o retorno de alguns exilados.
Terra e água
Após a morte de Dario I, seu filho Xerxes I subiu ao poder na Pérsia, ocupando-se nos primeiros anos de seu reinado de reprimir revoltas no Egipto e na Babilônia e continuando a preparação para atacar os gregos. Antes, havia enviado à Grécia embaixadores a todas as cidades para pedir-lhes terra e água, símbolos de submissão. Muitas ilhas e cidades aceitaram, mas Atenas e Esparta não. Conta-se que Esparta respondeu aos embaixadores “Terão toda a terra e água que quiserem”, jogando-os em um poço. Era uma declaração de intenções definitiva.
Em Esparta, começaram a ocorrer problemas nefastos, que seriam causados pela ira dos deuses devido a este ato de insolência. Os cidadãos espartanos foram chamados para solicitar se algum deles seria capaz de se sacrificar para satisfazer os deuses e aplacar sua ira. Dois ricos espartanos ofereceram-se para se entregar ao rei persa, e se dirigiram para Susa, onde Xerxes os recebeu. Os emissários espartanos lhe disseram: “Rei dos Medos, fomos enviados para que possas vingar a morte dada a vossos embaixadores em Esparta”. Xerxes lhes respondeu que não ia cometer o mesmo crime e que nem com sua morte os libertária da desonra.